Siden 2016 har parterne arbejdet med et større naturprojekt på Mandø. Projektet har til formål at genoprette dele af engområderne som vedvarende græsarealer og som yngle- og rasteområder for engfugle og trækfugle. Projektet har også til formål at udvikle mulighederne for naturoplevelser og turisme på øen.
I forbindelse med projektet er der i perioden 2017-18 sammen med de lokale lodsejere gennemført en jordfordeling på øen. Målet har dels været at samle et naturområde, hvor afvandingsforhold og naturpleje kan tilpasses, så der skabes optimale betingelser for fuglelivet og dels at sikre fremtidsmulighederne for landbruget. Som et led i jordfordelingen har Naturfonden erhvervet et areal på i alt ca. 130 ha på øen.
Projektet indebærer, at afvandingsforholdene ændres på dele af øen. Vandstanden hæves således i en række områder ved lukning af grøfter, og der etableres en række åbne vandflader til gavn for engfuglene. Disse tiltag gennemføres både på Naturfondens arealer og på en række af de privatejede arealer.
I tilknytning til den store satsning for naturen er der indgået aftaler mellem projektparterne om, at der sideløbende køres projekter vedrørende infrastruktur, oplevelser/turisme/turistudvikling og erhvervsudvikling på Mandø.